La oposición hacia la dictadura estuvo presente en todo momento, aunque, a medida que pasaba el tiempo,ésta iba aumentando. El principal objetivo político del régimen era eliminar cualquier rastro de oposición para así garantizar su propia supervivencia. Debido al estallido de la Segunda Guerra Mundial y las duras condiciones de vida, aparecieron los primeros opositores al franquismo. La oposición en el interior se limitó a la acción de núcleos guerrilleros en áreas montañosas, los llamados maquis,que estaban integrados por excombatientes del ejército republicano, los cuales llevaron a cabo sabotajes,asaltos a bancos.. La victoria de los aliados al fin de la Segunda Guerra Mundial y el bloqueo internacional contra el franquismo despertaron el entusiasmo de los exiliados republicanos y avivaron las esperanzas de los monárquicos, y por ello ambos se pusieron en contacto para crear un frente de oposición a Franco. En el interior del país, algunos sectores franquistas comenzaron a conspirar para restablecer la monarquía en Juan de Borbón, hijo de Alfonso XIII. En Marzo de 1945, éste publicó en Lausana un manifiesto en el que declaraba el fracaso del régimen y propónía la monarquía conservadora, algo que sirvió para enrarecer las relaciones entre Juan de Borbón y Franco. También en el interior permanecieron activos grupos del PCE,PSOE y la CNT.

Durante los años cincuenta se intensificaron las tensiones y las protestas. En 1956 se produjo una crisis universitaria debido a la liberalización del sistema, y se produjeron luchas callejeras que fueron reprimidas. El ministro de Educación Joaquín Ruiz-Giménez pretendíó normalizar la situación, pero no lo consiguió y fue obligado a dimitir. Otro hecho que contribuyó a ello fue la descolonización de Marruecos, ya que Francia le concedíó la independencia a su zona y España tuvo que hacer lo mismo,lo que supuso un duro golpe para el orgullo del ejército. Desde 1957, se introdujeron en el Gobierno los ministros tecnócratas, procedentes del Opus Dei, los que elaboraron la Ley de Principios del Movimiento Nacional(1958). La resistencia obrera demostró su capacidad de movilización en las convocatorias de huelga, como en Barcelona o el País Vasco. En los principales partidos políticos, el PSOE y el PCE, fueron patentes las diferencias entre las direcciones. En el PCE se produjo la ascensión de Santiago Carrillo, y aparecieron también organizaciones con una ideología de derecha moderada que se opónían al régimen. En 1959 aparecíó ETA en el País Vasco, que iniciaron una lucha armada para conseguir la independencia de las provincias vascas. En este mismo año se produjeron declaraciones anticatalanas que intensificaron las reivindicaciones nacionalistas.

En los años sesenta, la oposición al régimen se extendíó entre los sectores de la sociedad, y ante esto, la respuesta del Gobierno fue la represión. En 1962 se produjo el contubernio de Múnich, un encuentro de los opositores que sirvió para demostrar la uníón de la oposición, cuyas figuras clave fueron José María Gil-Robles y Salvador de Madariaga.

Los sectores de la Iglesia actuaron como conciencia crítica del régimen. Los sacerdotes asumieron el Concilio Vaticano II, se organizaron asociaciones de vecinos que se fueron infiltrando en el sindicato vertical y se iniciaron las críticas de los eclesiásticos a la dictadura. Se produjeron huelgas en Asturias, Cataluña y el País Vasco en 1962, dando lugar a la aparición del sindicato de Comisiones Obreras, el cual fue ilegalizado por el régimen. El movimiento estudiantil surgíó con fuerza en 1964. El PCE (Partido Comunista de España) fue el grupo opositor mejor organizado y con mayor apoyo social, el cual tuvo un papel fundamental en la movilización ciudadana contra el franquismo.

A partir de 1969 se diferenciaban en el régimen dos tendencias: los aperturistas, partidarios de reformas, y los inmovilistas-búnker, contrarios a cualquier cambio. Estalló el mayor escándalo económico de la etapa, el Caso Matesa, en el que estaban implicadas personalidades vinculados al Opus Dei, sacado a la luz por ministros independientes y falangistas. Franco zanjó este asunto destituyendo a los ministros implicados, lo que hizo que el sector tecnócrata de Carrero Blanco saliera reforzado.  Los intentos reformistas se concretaron en algunas medidas legislativas. La ley de Asociaciones Políticas(1969) permitíó que grupos liberales moderados cercanos al régimen se incluyeron en el registro. 

A pesar de esto, el Gobierno aumentó la represión a la oposición, lo que se manifestó en las detenciones y torturas. En 1970 se llevó a cabo un consejo de guerra contra 16 etarras, el Proceso de Burgos, no apoyado por la oposición, y Franco conmutó las penas de muerte.

En 1973, Franco nombra jefe de Gobierno a Carrero Blanco, y seis meses después muere en un atentado de ETA y le sucede Arias Navarro.  En este mismo año, la subida del precio del petróleo inició la crisis del petróleo. Ante los síntomas de descomposición del régimen y la crecida de los atentados de FRAP y ETA, se aprobó una Ley Antiterrorista en 1975, que prevéía la pena de muerte para delitos terroristas, y 5 de ellos fueron ejecutados. La salud de Franco era muy precaria, y aprovechando el difícil momento para España, el rey de Marruecos reclamó el sáhará español. Hasán  II organizó una ocupación pacífica de 200.000 marroquíes, la marcha verde, lo que provocó que España cediera el territorio a Marruecos y Mauritania, olvidando el referéndum .El Gobierno de Arias Navarro se veía desbordado, y el 20 de Noviembre de 1975, tras una larga enfermedad, muere Franco, dejando al país en el inicio de una crisis económica e iniciándose el proceso de Transición Española.