Durante el reinado de Fernando VII la práctica totalidad del imperio español alcanzó la independencia. Los problemas coloniales arrancaban de la etapa del Sexenio. La política de los gobiernos españoles ante las demandas de los independentistas fueron insuficientes, y su balance un fracaso. Puerto rico no planteaba serios problemas, ya que en el 72 había conseguido su autonomía, la esclavitud había sido abolida y tenía una economía saneada. El autonomismo se dividió en dos corrientes, una más españolista y otra más radical, de base popular, que dio lugar al nacionalismo antillano. En puerto rico la dominación española era más efectiva, pues se ejercía a través de una elite económica poderosa que podía controlar los movimientos emancipadores de base popular. En cuba las reformas adquirieron un especial carácter por el significado de la isla para españa. Se abolió de forma total la esclavitud en el 86. Maura propuso una amplia reforma administrativa y una ampliación del censo, pero estas medidas fueron rechazadas por antipatrióticas. Los sectores españolistas, partidarios de no ceder a ninguna presión reformadora, chocaron con los intentos del gobierno de conceder cierto grado de autonomía. Mientras que en el extremo contrario estaba el movimiento independentista, dirigido por el Partido Revolucionario Cubano, creado por José Martí. Se formaron tres corrientes: españolistas, autonomistas e independentistas. El autonomismo en Cuba fue una fórmula intermedia que defendía la españolidad de la isla, pero con una identidad propia dentro de unos vínculos con España de carácter solidario, pero no colonial. Las islas Filipinas se diferenciaban de las Antillas por la escasa presencia española en el archipiélago y la baja ocupación efectiva del territorio, excepto la capital. España se tuvo que enfrentar a un conjunto de disidencias de base campesina, eclesiástica, nacionalista y de los terratenientes. Mestizos y nativos atacaron la ausencia de reformas, lo que dio lugar a movimiento emancipador, formado por un grupo de mestizos, como José Rizal, partidarios de reformas. Este fundó la Liga Filipina.

Los gobernantes del Sexenio tuvieron que abordar la guerra larga de Cuba (68-78). Cuba estaba muy ligada a la economía estadounidense y admiraba el desarrollo económico y la democracia de EEUU. El interés de este país por Cuba aumentó hasta el punto de querer comprar la isla. Se produjeron tres rebeliones, una de ellas fue liderada por Carlos Manuel Céspedes, quien dio el Grito de Yara (levantamiento) donde se inició una guerra de 10 años. Con Máximo Gómez la guerra adoptó un carácter de lucha por la independencia.
La zona oriental de la isla fue el principal teatro de operaciones. El conflicto se trasladó al occidente de la isla, la parte más rica, donde vivían los grandes hacendados españoles. La fase más dura se desarrolló en la entapa de la Restauración hasta la firma de la Paz de Zanjón. Detrás del conflicto estaba la cuestión social de la abolición de la esclavitud, Mientras esa medida se pudo adoptar en Puerto Rico, en el caso de cuba el sistema productivo no podía prescindir de la mano de obra esclava, cuyo peso se había elevado de forma notable durante la primera mitad del siglo XIX y había enriquecido a numerosos comerciantes de esclavos. Las presiones obligaron al gobierno provisional español a aprobar la ley Moret, que declaraba libres a los que nacieran de madre esclava, a lo menores de edad y a los mayores de determinada edad. Pero el sistema esclavista pervivió hasta el 86.
En 1895 se produjo la insurrección nacionalista que dio lugar a la última guerra cubana, que tuvo dos momentos, la guerra entre el ejército español y los grupos independentistas nativos, y la intervención directa de EEUU. La guerra hispanocubana se desarrolló en cuatro fases:
-La primera, con el inicio de la sublevación en 1895 y la muerte del líder de la independencia, José Martí.
-La segunda fase fue el momento de mayor avance de las tropas sublevadas, desde el este hacia el oeste.
-En la tercera fase, el general Weyler sustituyó a Martínez Campos con la misión de “guerra hasta el final”, sin éxito. Se intensificó la interferencia de Estados Unidos en el conflicto.
La falta de éxitos militares decidió el relevo de Martínez Campos por el general Weyler, que llegó a la isla con la voluntad de emplear métodos más contundentes que acabasen con la insurrección por la fuerza. El ataque de Weyler fue acompañada de la “concentración” de los campesinos en aldeas cerradas para aislarlos de las tropas insurrectas. Pero la dificultad de proveer de alimentos y de facilitar asistencia médica, tanto al ejército como los campesinos, trajo consigo una elevada mortalidad. Además, la guerra provocó la destrucción de ingenios, plantaciones y vías férreas, y el resentimiento de la economía cubana se resistió notablemente.

-La cuarta fase, con el general Blanco al frente y en un ambiente hostil de la prensa y la opinión, desembocó en la intervención directa de Estados Unidos. Con el asesinato de Cánovas (1897) un nuevo gobierno liberal decidió probar la estrategia de la conciliación. El gobierno relevó a Weyler del mando y concedió a Cuba autonomía en noviembre de 1897, el sufragio universal, la igualdad de derechos entre insulares y peninsulares y la autonomía arancelaria; pero las reformas llegaron demasiado tarde: los independentistas, que contaban con el apoyo estadounidense, se negaron a aceptar el fin de las hostilidades que fue declarado unilateralmente por el gobierno español. 

Estados Unidos reivindicaba la influencia en el Caribe, donde hubo diversos intentos de comprar la isla de Cuba a España. La guerra hispanocubana coincidió con el momento de máxima expansión del imperialismo de Estados Unidos. Las reformas introducidas en la isla por el gobierno de Sagasta, tras el asesinato de Cánovas, no satisficieron las exigencias del republicano Mckinley, que abogaba ya por la compra o la anexión.
La explosión del acorazado estadounidense Maine fue el pretexto de la declaración de la guerra. Los estadounidenses acusaban a los españoles de haber provocado el hundimiento, así que Estados Unidos declaró la guerra a España. A la guerra se opusieron parte de los carlistas, republicanos, anarquistas, socialistas y sectores populares, ya que estos soportaban el conflicto de forma directa como soldados. El resultado fueron dos derrotas españolas. Las negociaciones de paz se plasmaron en el Tratado de París, por el que España reconocía la independencia de Cuba, cedía Puerto Rico, Filipinas y la isla de Guam a Estados Unidos a cambio de 20 millones de dólares y entregó al Imperio alemán las islas Carolinas, las Marianas y las Palaos, a cambio de 25 millones de dólares. La derrota generó el “regeneracionismo”, examen de conciencia llevado a cabo por intelectuales y políticos, cuyos ejes eran la dignificación de la política, la modernización social y la superación del atraso cultural. Como resultado se formó un gobierno presidido por Francisco Silvela y con el general Polavieja como ministro de la Guerra, los cuales pretendían regenerar al país sin modificar el sistema restaurador ni el papel que habían jugado la corona, el ejército o los partidos. Silvela era partidario de reformas que se intentaron sin éxito en Hacienda, ejército y organización territorial. El fracaso del gobierno regeneracionista mostraba la incapacidad del sistema para evolucionar. Así que hubo otro movimiento regeneracionista protagonizado por Picavea, Mallada o Joaquín Costa, y un grupo sobresaliente de escritores dio lugar a la generación del 98. Los intelectuales regeneracionistas intentaron formular un diagnóstico y unas soluciones que englobaron bajo el calificativo de “regeneración nacional”. Los intelectuales cuestionaban la capacidad del pueblo español para progresar, consideraban la falta de educación uno de los males fundamentales causantes del atraso del país y criticaban el sistema de la Restauración y su funcionamiento. Joaquín Costa puso en práctica muchas de sus ideas a través de la Liga Nacional de Productores, donde estableció reformas agrarias, municipales, educativas o administrativas. El regeneracionismo dejó de ser un peligro para el sistema restaurador y sus lemas fueron asumidos por los conservadores, los liberales, los republicanos y Alfonso XIII.
Las repercusiones del desastre inmediatas fueron menores de lo que se esperaba. No hubo una gran crisis política y el sistema de la restauración perduró. Los políticos conservadores y liberales se adaptaron a los nuevos tiempos y a la retórica de la regeneración, y el régimen mostró una gran capacidad de recuperación. Tampoco hubo crisis económica. Las estadísticas mostraban una inflación baja, una reducción de la deuda pública y una considerable inversión proveniente de capitales repatriados. La crisis del 98 fue fundamentalmente moral e ideológica, que causó un importante impacto psicológico en la población. Por otro lado, los movimientos nacionalistas se expandieron sobre todo en País Vasco y Cataluña, donde la burguesía industrial comenzó a tomar conciencia de la incapacidad de los partidos dinásticos para desarrollar una política renovadora y orientó su apoyo hacia las formaciones nacionalistas, que reivindicaban la autonomía y prometían una política nueva y modernizadora de la estructura del estado. Finalmente, la derrota militar cambió la mentalidad de los militares, que se inclinaron en buena parte hacia posturas más autoritarias e intransigentes, frente a la ola de militarismo que siguió al desastre. Esto supuso el retorno de la injerencia del ejército en la vida política española, convencido de que la derrota había sido culpa de la ineficacia y la corrupción de los políticos y el parlamentarismo. Cuando Alfonso XIII subió al trono, ya habían desaparecido Cánovas, Castelar y Pi i Margall. Poco después murió Sagasta, cerrando así una etapa de la vida política de España.